One should recite the following dua at the time of thunder:
اللَّهُمَّ لَا تَقْتُلْنَا بِغَضَبِكَ، وَلَا تُهْلِكْنَا بِعَذَابِكَ، وَعَافِنَا قَبْلَ ذَلِكَ
O Allah, do not kill us due to Your anger, and do not destroy us through Your punishment, and grant us Aafiyat (grant us protection and ease when the calamity comes or take us away from this world) before that (before You send down Your punishment).
عن سالم بن عبد الله بن عمر، عن أبيه، أن رسول الله صلى الله عليه وسلم كان إذا سمع صوت الرعد والصواعق، قال: اللهم لا تقتلنا بغضبك، ولا تهلكنا بعذابك، وعافنا قبل ذلك (سنن الترمذي، الرقم: 3450)
Hazrat Abdullah bin Umar (radhiyallahu ‘anhuma) reports that Rasulullah (sallallahu ‘alaihi wasallam) would recite the following dua when he heard thunder and loud thunderbolts:
اللَّهُمَّ لَا تَقْتُلْنَا بِغَضَبِكَ، وَلَا تُهْلِكْنَا بِعَذَابِكَ، وَعَافِنَا قَبْلَ ذَلِكَ