One should recite the following dua at the time of rain:
اللَّهُمَّ صَيِّبًا نَافِعًا
O Allah, bless us with beneficial rain
عن عائشة: أن رسول الله صلى الله عليه وسلم كان إذا رأى المطر، قال: اللهم صيبا نافعا (صحيح البخاري، الرقم: 1032)
Hazrat Aaishah (radhiyallahu ‘anha) reports that Rasulullah (sallallahu ‘alaihi wasallam) would recite the following dua when he saw rain:
اللَّهُمَّ صَيِّبًا نَافِعًا